近年来，股权投资基金在我国发展非常迅速，其一个重要体现形式为有限合伙制私募基金。国家和地方层面的法律法规对有限合伙制合伙人投资收益所得相关纳税处理存在一定的差异性和灵活性。总体而言，有限合伙制基金实行先分后税，即合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人为自然人的，缴纳个人所得税；合伙人为法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
一、自然人合伙人的税务处理
针对有限合伙人取得的股息、红利、股权转让收益大多数情况适用20%税率。但针对执行合伙事务的普通合伙人的收入是否按照“利息、股息、红利所得”适用20%税率，或是按照“个体工商户的生产经营所得”适用超额累进税率，以及是否区别普通合伙人的经营所得以及投资收益的适用税率，地方规定存在较大差异。
国家层面针对自然人合伙人税务处理的法规主要有如下规定
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[]91号）：合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税；
《国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定执行口径的通知》（国税函[]84号）针对合伙企业对外投资进行了特殊规定：以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。即：“利息、股息、红利所得”适用20%的个人所得税率。
北京层面的法规主要有《关于促进股权投资基金业发展的意见》（京金融办[]5号）。合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率为20%。即：并未区分普通合伙人或有限合伙人的适用税率。
天津的规定主要有《天津市促进股权投资基金业发展办法》（津*发[]45号）。以有限合伙制设立的合伙制股权投资基金中，自然人有限合伙人，依据国家有关规定，按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得的所得能划分清楚时，对其中的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%。即，对普通合伙人的投资/股权转让收益与执行合伙业务的收入进行了区分。
上海层面的法规主要有《关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》（沪金融办通[]10号）。以合伙企业形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业的生产经营所得及其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人作为纳税人，按照“先分后税”原则，分别缴纳所得税。而更早出台的沪金融办通[]3号则规定：执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其于有限合伙企业取得的股权投资收益，依20%税率计算缴纳个人所得税。虽然沪金融办通[]3号在年被沪金融办通[]10号修订，但在上海更通行的做法是普通合伙人的个人所得税按照超额累进税率计算个人所得税。
横琴新区出台的《促进私募投资基金业发展实施办法》规定：不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，根据国家有关规定，按照“利息、股息、红利所得”应税项目，按20%税率计算缴纳个人所得税。
二、居民企业合伙人的税务处理
尽管《企业所得税法》规定符合条件的居民企业之间的股息为免税收入，但其亦明确规定，合伙企业不适用《企业所得税法》。财*部国家税务总局出台的《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[]号）规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙人为法人和其他组织的，缴纳企业所得税。合伙企业的合伙人为法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。各地亦存在类似规定。例如津*发[]45号和横琴新区的《促进私募投资基金业发展实施办法》。因此，即使被投资企业、合伙企业、居民企业合伙人均为企业，在大多数实践中，于被投资企业取得的股息等收入经由有限合伙基金分配给居民企业合伙人比较难以享受《企业所得税法》规定的免税收入待遇。
值得一提的是京金融办[]5号文，其说明：合伙制股权基金于被投资企业获得的股息、红利等投资性收益，属于已缴纳企业所得税的税后收益，该收益可按照合伙协议约定直接分配给法人合伙人，其企业所得税按有关*策执行。因此针对分配给居民合伙人的股息等是否享受免税收入，部分地方实际留下了一定的沟通空间。
需要说明的是是，如居民企业合伙人为个人独资企业，对其个人投资者依据《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔〕84号）第二条的规定，单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
三、非居民企业合伙人的税务处理
在年，《关于外商投资创业投资公司缴纳企业所得税有关税收问题的通知》（国税发[]61号）曾经规定，外资创投企业可选择适用“透明纳税实体”税务处理原则的条款，即规定组建为非法人的创投企业可由投资各方分别申报缴纳企业所得税，在特定情形下外方投资人享受无常驻机构税收待遇。但在年《企业所得税法》颁布并且国税发[]61号文在年被废止后，国家对于外商投资合伙企业的非居民企业合伙人的纳税处理，目前的规定较不明确，建议与主管税务机关针对纳税税率（25%或是10%）、是否认定为外国企业常设机构等问题进行沟通。需要注意的是，在向非居民企业合伙人进行相关股权投资收益实际分配之前，银行进行外汇支付的审核时，相关税务证明是不可或缺的材料。
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